En 1516, tras la muerte de Fernando el Católico, el trono recae finalmente en su hija Juana. Unos meses más tarde, el hijo de ésta y de Felipe el Hermoso, Carlos de Gante, se autoproclama Rey de Castilla y Aragón desde Flandes. En 1517, Carlos desembarca en Villaviciosa. Viene acompañado por un gran séquito de flamencos. No entiende ni habla el idioma castellano e inmediatamente se traslada a Tordesillas donde se haya recluida su madre, Juana. Cuando fallece en Roa (Burgos), el Cardenal Cisneros, Regente del Reino, Carlos de Gante coloca como sucesor suyo al frente de la Iglesia castellana a un sobrino de Guillermo Croy, de veinte años. De forma sistemática empieza a repartir cargos importantes entre sus allegados venidos de fuera.
En 1518, en Valladolid jura los Fueros de Castilla, trasladándose después a Aragón. En 1519, fallece el emperador Maximiliano I. Carlos compra mediante grandes sumas de dinero a los restantes candidatos alemanes. Inmediatamente hace saber que va a celebrar Cortes, donde espera conseguir el dinero necesario (Servicio) para poder proclamarse en Alemania como Emperador. La mecha se ha encendido. El descontento empieza a extenderse por toda Castilla. Los Regidores de Toledo expresan su disconformidad enviando cartas a otras ciudades castellanas.Y le sigueSalamanca toma en contra de los impuestos reclamados por Carlos. Carlos hace caso omiso de tales demandas y convoca a Cortes en Santiago de Compostela. El 31 de marzo se celebran las Cortes. En ellas se prohíbe el paso a los procuradores de Toledo y Salamanca. Sin embargo, los procuradores de León, Valladolid, Zamora, Madrid y Murcia se posicionan en contra del Rey. Ante este hecho no esperado, Carlos suspende las Cortes de Santiago y anuncia una nueva votación en la ciudad de La Coruña.
Carlos sale de España sin haber conseguido el nuevo impuesto, en ese momento ya se había iniciado la revuelta. En Toledo se expulsó al corregidor y se estableció la primera Comunidad. A esta ciudad le siguen el resto de las principales de Castilla la Vieja. Toledo convoca a las cuatro ciudades más importantes para formar una Junta revolucionaria. La Junta debería estar por encima de las decisiones del rey, exigiendo el control de todos los poderes del estado. Ante las pretensiones de la Junta, los moderados se replegaron.
Antes de abandonar Castilla, Carlos V había asociado al nuevo al gobierno del regente Adriano de Utrech, al Almirante de Castilla y al Condestable de Castilla, asegurándose con ello el apoyo de la alta nobleza a la causa real.
Personajes claves Comuneros fueron Juan Bravo en Segovia, Juan de Padilla y María Pacheco en Toledo y Francisco de Maldonado en Salamanca.
Su programa los Comuneros se resume en los siguientes puntos:
- El regreso de Carlos a Castilla y León.
- La exclusión de los extranjeros de los cargos políticos.
- Un mayor protagonismo de las Cortes
- La reducción de los impuestos y de los gastos de la Corte.
- La limitación y control de la exportación de lana.
En esta situación, la revuelta comunera se convirtió no solo en una cuestión política, sino también en una cuestión social: junto al movimiento ciudadano se desarrolla un fuerte movimiento antiseñorial.
En 1521 los Comuneros reciben un duro golpe en la batalla de Villalar. La ciudad de Toledo resiste unos meses más pero en 1522 es tomada por las fuerzas reales, con lo que la revuelta comunera había sido sofocada.
Tras la victoria del rey la represión fue feroz, los principales líderes fueron ejecutados. Las ciudades comuneras fueron sometidas al pago de cuantiosas indemnizaciones, que supusieron la ruina de las ciudades manufactureras como Segovia, frente al triunfo de los intereses exportadores de los mercaderes burgaleses, lo que impidió la continuidad rentable de gran parte de la industria de la Corona, con el agravante de la ausencia de una política proteccionista. Finalmente, se acrecentó el poder de la monarquía, frente a la nobleza que vio reducido su poder y su régimen de privilegios, lo que contribuyó a una más rápida integración del absolutismo real en Castilla.
